Comme toutes les maladies rares et chronique, les Malformations Ano-Rectales font partie de l’ALD 31 « affections hors liste ».
L’Affection de Longue Durée permet une prise en charge à 100 % des soins et traitements liés à la malformation et à sa chirurgie. En revanche les soins et traitements liés à d’autres maladies sont remboursés dans les conditions habituelles.
Un médecin qui suit le patient opéré d'une MAR doit déclarer l’Affection Longue Durée au médecin-conseil de la Caisse d’Assurance Maladie dont dépend l’assuré (caisse départemental). La réponse survient en moyenne entre 8 et 15 jours après la réception de la demande. Une attestation en double exemplaire mentionnant l’ALD est envoyée ensuite au médecin qui en remet une au malade.